水冷机组水系统相对风冷机组风系统更加复杂，分为冷却水系统和冷冻水系统，一般包含有水泵、水流开关、水质处理器、水路过滤器、补水装置等，冷却水系统配备有冷却塔等，冷冻水系统配备有膨胀水箱等，任何一个环节出现问题，都将直接影响到制冷机组的正常运行，同风冷机组一样，水系统的设置始终围绕着如何保证换热器的正常换热，如换热不充分，制冷系统同样会出现上述问题，处理不当也将出现各种保护。

进行过滤网清洁时，应根据说明书上的程序进行。窗式空调器一般可直接捏住过滤网拉手，轻轻拉出过滤网。分体式空调器，一般掀起面板，而后才能看见拉手，取出过滤网，过滤网上如果仅是灰尘、纤维，可以轻轻掸去，或用吸尘器吸去灰尘。如果污染严重，或有油烟，可以用中性清洁剂，以免损坏洗过的过滤网，晾干后小心装入原处。

检查外观很重要。一般电镀件不得有剥落、、划伤等的缺陷，且表面应光滑。各部件的安装应牢固可靠，管路与部件之间不能互相摩擦、碰撞并且喷涂件表面不应有气泡、流痕、漏涂、底漆层外露、凹凸不平等等的缺点。

水冲洗结束后，在清洗槽内循环添加康星超级彩码除垢剂—钙尔西康，对整个冷却水系统清洗，用1：30到50兑水，初次加入钙尔西康，排水将呈黄色或其他颜色。

中央空调由一个或多个冷热源系统和多个空气调节系统组成，该系统不同于传统冷剂式空调，(如单体机，VRV) 集中处理空气以达到舒适要求。为防止反应速度过快，阻塞系统，可以间隔30分钟将分3-4次加入。对系统打循环6-12小时左右。

按照建议剂量和时间循环后，若再次加入钙尔西康，水变成红色，表明已清洗干净。在排除废液以前，请用氢氧化（oxidation)钠(Sodium)或苏打粉中和至7-8，这样可以保证排放污水达到国家排放标准用清水（thorough)冲洗系统1-2次以去除所有残留后结束酸洗过程。